公司跨区搬迁一般有赔偿的。根据相关法律规定，劳动合同订立时所依据的客观情况发生重大变化，致使劳动合同无法履行，经用人单位与劳动者协商，未能就变更劳动合同内容达成协议的，用人单位用人单位应当向劳动者支付经济补偿。
《劳动合同法》
第四十七条 经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。
劳动者月工资高于用人单位所在直辖市、设区的市级人民政府公布的本地区上年度职工月平均工资三倍的，向其支付经济补偿的标准按职工月平均工资三倍的数额支付，向其支付经济补偿的年限最高不超过十二年。
本条所称月工资是指劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资。
二、工厂搬迁单位不给赔偿应该怎么办
工厂搬迁单位不给赔偿可以申请劳动仲裁，要求用人单位支付违法辞退的赔偿金。
1、去当地人力资源和社会保障局(原劳动局)内的劳动争议仲裁委，申请劳动仲裁，立案时需携带：仲裁申请书2份、申请人身份证复印件1份；相关证据复印件和证据清单2份；用人单位的工商登记信息(北京地区不需要提供登记信息)。
2、提交材料后，5个工作日仲裁委给予立案，然后给双方举证期，给对方答辩期；然后开庭审理，之后对你们双方进行调解，调解不成仲裁委会下达裁决书；劳动仲裁60天内结案；对于裁决书不服，劳动者可以起诉到法院；
3、申请劳动仲裁期间，不耽误劳动者去新单位工作。
公司跨区搬迁的意味着劳动合同的地址已变更，如果劳动者不愿意到那么远的地方上班而解除合同的，那么用人单位就应该要支付相应的经济补偿，但如果是在市区搬迁，而劳动者不去的，用人单位可以不用支付经济补偿，所以，不同的情形会做出不同的处理。
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