公司不知道女职工怀孕辞退后，女职工主张经济补偿的，双方可以协商处理，如果协商不成的，可以申请劳动仲裁解决争议。《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二条中华人民共和国境内的用人单位与劳动者发生的下列劳动争议，适用本法：
（一）因确认劳动关系发生的争议；
（二）因订立、履行、变更、解除和终止劳动合同发生的争议；
（三）因除名、辞退和辞职、离职发生的争议；
（四）因工作时间、休息休假、社会保险、福利、培训以及劳动保护发生的争议；
（五）因劳动报酬、工伤医疗费、经济补偿或者赔偿金等发生的争议；
（六）法律、法规规定的其他劳动争议。第五条发生劳动争议，当事人不愿协商、协商不成或者达成和解协议后不履行的，可以向调解组织申请调解；
不愿调解、调解不成或者达成调解协议后不履行的，可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁；
对仲裁裁决不服的，除本法另有规定的外，可以向人民法院提起诉讼。
二、可以辞退怀孕女职工的条件有哪些
女职工在孕期、产期、哺乳期的，用人单位不得依照《劳动法》第四十条、第四十一条的规定解除劳动合同。
但是，依据《劳动法》第二十五条以及《中华人民共和国劳动合同法》第三十九条相关规定，劳动者有如下情形之一，用人单位有权依法解除与怀孕女职工的劳动关系：
1、严重违反劳动纪律或者用人单位规章制度的；
2、严重失职、营私舞弊，对用人单位利益造成重大损害的；
2、或劳动者同时与其他用人单位建立劳动关系，对完成本单位的工作任务造成严重影响，或者经用人单位提出，拒不改正的；
4、被依法追究刑事责任的，用人单位无需支付经济补偿金。
但如果并非上述情形，用人单位辞退哺乳期女职工，用人单位应支付经济补偿金、额外经济补偿金等。
因此，用人单位是不能随意解雇哺乳期女职工的。
用人单位不知道女职工怀孕而辞退的，如果双方就经济补偿等问题产生争议时，可以协商解决争议，如果不愿意协商或者协商不成的，当事人可以向劳动仲裁机构申请劳动仲裁。
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