根据农村宅基地上房屋转让合同主体的差异，可以将农村宅基地上房屋转让合同纠纷分为三类：
一是农村本集体经济组织成员之间的纠纷；
二是农村本集体经济组织成员与外集体经济组织成员之间的纠纷；
三是农村本集体经济组织成员与城镇居民之间的纠纷。因为合同主体的不同，在适用法律认定宅基地上房屋转让合同效力时也会得出不同的结论。
1、对农村本集体经济组织成员之间农村房屋转让合同应认定有效。因购买者是本集体经济组织成员，宅基地使用权可以在本集体成员内部流转。因此，对本集体经济组织成员之间农村房屋转让，只要转让双方所订立的转让合同符合合同法关于有效合同要件，就应当认定转让合同有效。
2、本集体经济组织成员与外集体经济组织成员之间的房屋转让合同应认定有效。我国相关法律、法规虽然禁止将农村宅基地使用权向本集体经济组织成员以外的人转让，但对农村居民转让房屋所有权并无禁止性规定，而国家相关政策也无禁止向本集体经济组织外的农村居民出售房屋的规定。因此，对这类农村房屋转让合同，只要其符合合同法关于有效合同其他要件，也应依法认定为有效合同。《土地管理法》第六十二条第四款规定：
“农村村民出卖、出租住房后，再申请宅基地的，不予批准”。《土地管理法》第六十二条第一款规定：
“农村村民一户只能拥有一处宅基地，其宅基地的面积不得超过省、自治区、直辖市规定的标准。”由此可知，该法并未禁止农村房屋的买卖和出租。
二、农村宅基地转让流程详细步骤
农村宅基地的买卖不同于普通商品房买卖，因为其土地属于集体所有，未经法定程序转让可能会无效，具体的程序为：
1.宅基地买卖应经集体即村民委员会书面同意；
2.如系共有房屋，必须征得其他共有人同意；
3.应提交户口簿、居民身份证及土地证、房产证等相关材料的原件；
4.应到产权登记部门查看房屋产权是否存在瑕疵：
如是否存在抵押等担保、是否有人民法院采取查封等财产保全措施；
5.应订立书面买卖合同、并办理审批、过户等手续。
宅基地买卖合同应由相关职能部门审批，并办理“宅基地证”或“集体土地使用证”的过户更名手续；
还应到房产管理部门依法办理“房产证”的过户更名手续。
宅基地属于集体经济所有，但是宅基地上面的房产因为是农户个人建造的这个房子应该是属于个人所有，而不是属于集体经济所有，所以该房屋应该可以买卖，但必须要分情况，因为有的情况房屋买卖是无效的。
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