离职经济补偿金超过当地上年职工平均工资3倍数额的部分，才要按照个人所得税纳税。即使纳税，还要除以个人在本企业的工作年限数。劳动者与用人单位解除或者终止劳动合同时，依法应当获得的经济补偿金属于员工离职后的一次性经济补偿收入，按照目前的个人所得税纳税范围，是应当按照“工资、薪金所得”项目计征个人所得税。但这并不是说，员工的离职经济补偿金都要缴纳个人所得税。只有那些离职经济补偿金超过当地上年职工平均工资3倍数额的部分，才要按照个人所得税纳税。《中华人民共和国个人所得税法》第二条下列各项个人所得，应当缴纳个人所得税：
（一）工资、薪金所得；
（二）劳务报酬所得；
（三）稿酬所得；
（四）特许权使用费所得；
（五）经营所得；
（六）利息、股息、红利所得；
（七）财产租赁所得；
（八）财产转让所得；
（九）偶然所得。居民个人取得前款第一项至第四项所得(以下称综合所得)，按纳税年度合并计算个人所得税；
非居民个人取得前款第一项至第四项所得，按月或者按次分项计算个人所得税。纳税人取得前款第五项至第九项所得，依照本法规定分别计算个人所得税。
二、一次性经济补偿金个税应注意什么问题
1、关于工资所得个税与经济补偿金个税是否合并计算的问题劳动合同解除，员工工资所得与经济补偿金所得应当分别计算个人所得税。
2、关于因劳动合同终止所取得的经济补金的个税计算根据《劳动合同法》的规定，劳动合同到期终止，企业也需要向员工支付经济补偿金。
对于员工因劳动合同终止所取得的经济补偿金的个税计算目前国家税法尚没有特别的规定，经向税务局了解，税务局的答复是：
在国家没有出台特别规定之前，员工因劳动合同终止所取得的经济补偿金的个税计算不享受员工因劳动合同解除所取得的经济补偿金的个税计算的优惠待遇，应当按照所取得的经济补偿金数额根据国家《个人所得税法》的规定征收个人所得税。
以上就是小编对“员工离职的经济补偿金要扣税吗”所进行的解答，我们可以了解到离职经济补偿金超过当地上年职工平均工资3倍数额的部分，才要按照个人所得税纳税。
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