1、单位司机在工作中发生交通事故的，如果是司机责任的，由保险公司在限额内赔偿，超出限额的，由单位承担赔偿责任，司机有重大过错的，减轻单位的责任。
2、法律规定：
《最高人民法院关于审理道路交通事故损害赔偿案件适用法律若干问题的解释》第十六条同时投保机动车第三者责任强制保险(以下简称“交强险”)和第三者责任商业保险(以下简称“商业三者险”)的机动车发生交通事故造成损害，当事人同时起诉侵权人和保险公司的，人民法院应当按照下列规则确定赔偿责任：
（一）先由承保交强险的保险公司在责任限额范围内予以赔偿；
（二）不足部分，由承保商业三者险的保险公司根据保险合同予以赔偿；
（三）仍有不足的，依照道路交通安全法和民法典的相关规定由侵权人予以赔偿。被侵权人或者其近亲属请求承保交强险的保险公司优先赔偿精神损害的，人民法院应予支持。《中华人民共和国民法典》第一千一百九十一条【用人单位责任和劳务派遣单位、劳务用工单位责任】用人单位的工作人员因执行工作任务造成他人损害的，由用人单位承担侵权责任。用人单位承担侵权责任后，可以向有故意或者重大过失的工作人员追偿。劳务派遣期间，被派遣的工作人员因执行工作任务造成他人损害的，由接受劳务派遣的用工单位承担侵权责任；
劳务派遣单位有过错的，承担相应的责任。
二、如何认定
交通事故责任交通事故的责任认定分下列情形处理：
1、因一方当事人的过错导致交通事故的，承担全部责任。
2、当事人逃逸，造成现场变动、证据灭失，公安机关交通管理部门无法查证交通事故事实的，逃逸的当事人承担全部责任。
3、当事人故意破坏、伪造现场、毁灭证据的，承担全部责任。
4、因一方或者两方以上当事人的过错发生交通事故的，根据其行为对事故发生的作用以及过错的严重程度，分别承担主要责任、同等责任和次要责任。
5、各方均无导致交通事故的过错，属于交通意外事故的，各方均无责任。
6、一方当事人故意造成交通事故的，他方无责任。
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