农村两个儿子只有一套房屋宅基地，处理方式如下：
第一，翻盖自己家的的老宅。一个宅基地可以盖一处房子，自己家里的老宅如果位置还不错，也可以翻盖一下，这样的话一个儿子就有一栋楼房了，在农村，很多的家庭都是这样做，父母等着年龄大了以后，可以选择跟着自己的一个儿子居住，也可以在兄弟两个之间轮番居住，关键是看在分家的时候，楼房面积的大小和新旧程度，以及两兄弟商量最后的结果了，农村中一般宅基地多占一些的或者是盖房子的时候老人付出的比较多的儿子，会承担起以后老人居住的问题。第二，置换宅基地。还有些家庭自己家的土地不适合盖房子，然后就会用自己家闲置的一些土地去跟别人换地方来盖房子，这样至少可以有地方把房子给盖起来，即便是位置不是太好或者是有点偏僻，但总归是好过没有强。第三，买一块宅基地。现在农村有些有宅基地的家庭，反而不盖房子了，有些人选择了去城里买房，这种情况也可以酌情购买一块，一般来说，购买宅基地是价格肯定会高一些，但是毕竟都是在一个村子，宅基地的买卖也是允许的。
二、宅基地加盖二层合法吗
宅基地加盖二层不合法，需要报建审批后才能建房。
宅基地归属的规定有下面这些：
根据《土地管理法》第六十二条规定：
第六十二条农村村民一户只能拥有一处宅基地，其宅基地的面积不得超过省、自治区、直辖市规定的标准。
人均土地少、不能保障一户拥有一处宅基地的地区，县级人民政府在充分尊重农村村民意愿的基础上，可以采取措施，按照省、自治区、直辖市规定的标准保障农村村民实现户有所居。
农村村民建住宅，应当符合乡(镇)土地利用总体规划、村庄规划，不得占用永久基本农田，并尽量使用原有的宅基地和村内空闲地。
编制乡(镇)土地利用总体规划、村庄规划应当统筹并合理安排宅基地用地，改善农村村民居住环境和条件。
农村村民住宅用地，由乡(镇)人民政府审核批准；
其中，涉及占用农用地的，依照本法第四十四条的规定办理审批手续。
农村村民出卖、出租、赠与住宅后，再申请宅基地的，不予批准。
国家允许进城落户的农村村民依法自愿有偿退出宅基地，鼓励农村集体经济组织及其成员盘活利用闲置宅基地和闲置住宅。
国务院农业农村主管部门负责全国农村宅基地改革和管理有关工作。
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