建设南水北调工程征收土地时，如果征收永久基本农田、永久基本农田以外的耕地超过三十五公顷等情形的，需要经国务院的批准。《土地管理法》第四十六条征收下列土地的，由国务院批准：
（一）永久基本农田；
（二）永久基本农田以外的耕地超过三十五公顷的；
（三）其他土地超过七十公顷的。征收前款规定以外的土地的，由省、自治区、直辖市人民政府批准。征收农用地的，应当依照本法第四十四条的规定先行办理农用地转用审批。其中，经国务院批准农用地转用的，同时办理征地审批手续，不再另行办理征地审批；
经省、自治区、直辖市人民政府在征地批准权限内批准农用地转用的，同时办理征地审批手续，不再另行办理征地审批，超过征地批准权限的，应当依照本条第一款的规定另行办理征地审批。
二、征地工作一般的程序有哪些
征用百姓土地时在已告知征地的情况下：
在征地依法报批前，当地国土资源部门应该将拟征地的用途、补偿标准等，应该以书面的形式告诉被征地农村集体组织和农户。
1、确认征地调查结果：
国土资源部门会同交通、林业部门，对拟征土地的权属、地类、面积以及地上附着物权属、种类、数量等现状进行调查，调查结果应与被征地农村集体经济组织和地上附着物产权人、各市动迁办公室共同确认。
2、组织征地听证：
在征地依法报批前，国土资源部门应告知被征地农村集体经济组织和农户，对拟征土地的补偿标准、安置途径有申请听证的权利。
当事人申请听证的，应按照规定的程序和有关要求组织听证。
3、签订征地补偿协议：
国土资源部门要按照本方案制定的补偿标准，与被征地农村集体经济组织和农民个人签订征地补偿协议，并将协议作为征地报件必备件附征地卷一同上报。
公开征地批准事项：
经依法批准征收的土地，除涉及国家保密规定等特殊情况外，省国土资源厅通过媒体向社会公示征地批准事项。
最后经过规定检查都合格就可以支付征地补偿安置费。
因南水北调项目建设而征收土地时，要不要由国务院审批，要依据具体情况而定。
如果是出现征收永久基本农田、永久基本农田以外的耕地超过三十五公顷等相关情形的，需要经过国务院的批准，按照我国土地管理法规的规定来。
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