行政处罚案件的证据灭失，如果没有其他证据证明违法事实的，应该作出不予处罚决定，有其他证据证明违法事实的，给予行政处罚。
二、相关法律规定
《中华人民共和国行政处罚法》第三十六条除本法第三十三条规定的可以当场作出的行政处罚外，行政机关发现公民、法人或者其他组织有依法应当给予行政处罚的行为的，必须全面、客观、公正地调查，收集有关证据；
必要时，依照法律、法规的规定，可以进行检查。
第三十七条行政机关在调查或者进行检查时，执法人员不得少于两人，并应当向当事人或者有关人员出示证件。
当事人或者有关人员应当如实回答询问，并协助调查或者检查，不得阻挠。
询问或者检查应当制作笔录。
行政机关在收集证据时，可以采取抽样取证的方法；
在证据可能灭失或者以后难以取得的情况下，经行政机关负责人批准，可以先行登记保存，并应当在七日内及时作出处理决定，在此期间，当事人或者有关人员不得销毁或者转移证据。
执法人员与当事人有直接利害关系的，应当回避。
第三十八条调查终结，行政机关负责人应当对调查结果进行审查，根据不同情况，分别作出如下决定：
（一）确有应受行政处罚的违法行为的，根据情节轻重及具体情况，作出行政处罚决定；
（二）违法行为轻微，依法可以不予行政处罚的，不予行政处罚；
（三）违法事实不能成立的，不得给予行政处罚；
（四）违法行为已构成犯罪的，移送司法机关。
对情节复杂或者重大违法行为给予较重的行政处罚，行政机关的负责人应当集体讨论决定。
在行政机关负责人作出决定之前，应当由从事行政处罚决定审核的人员进行审核。
行政机关中初次从事行政处罚决定审核的人员，应当通过国家统一法律职业资格考试取得法律职业资格。
在证据灭失的情况下，行政机关要继续对案件进行调查取证，如果没有证据证明违法事实的，作出不予处罚的决定。
如果有证据证明违法事实的，应该作出行政处罚的决定。
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