检察院退侦两次案件会按照不起诉处理。
对于第二次补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉决定。
人民检察院审查案件，对于需要补充侦查的，可以退回公安机关补充侦查，也可以自行侦查。
对于补充侦查的案件，应当在1个月以内补充侦查完毕。
补充侦查以2次为限。
补充侦查完毕移送人民检察院后，人民检察院重新计算审查起诉期限。
对于补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，可以作出不起诉的决定。
检察院两次退侦之后，应当作出不起诉决定。
根据《刑事诉讼法》的规定，人民检察院在办理审查起诉案件时，对于需要补充侦查的，可以退回公安机关补充侦查。
补充侦查以二次为限，每次不超过一个月。
对于第二次补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉决定。
因此，对于第一次补充侦查起诉的案件，如果侦查机关无法提供更多证据的，可以选择撤案。
对于第二次补充侦查的案件，检察机关不能再退回公安机关，应该做出起诉或不起诉的决定。
二、刑事案件立案程序怎么走?
1、公安机关对立案材料的接受
2、对立案材料的审查和处理公安机关对于接受的案件或者发现的犯罪线索，应当迅速进行审查，经过审查分别作出以下处理:
参见《公安机关办理刑事案件程序规定》)
(1)认为有犯罪事实，但不属于自己管辖的案件，应当在24小时内，经县级以上公安机关负责人批准，签发《移送案件通知书》，移送有管辖权的机关处理;
必须采取紧急措施的，应当先采取紧急措施，然后办理手续，移送主管机关。
(2)对于告诉才处理的案件和被害人有证据证明的轻微刑事案件，应当将案件材料和有关证据送交有管辖权的人民法院，并告知当事人向人民法院起诉。
(3)对于不够刑事处罚需要给予行政处罚的，依法处理。
(4)认为没有犯罪事实，或者犯罪情节显着轻微不需要追究刑事责任，或者具有其他依法不追究刑事责任情形的，接受单位应当制作《呈请不予立案报告书》，经县级以上公安机关负责人批准，不予立案;
有控告人的案件应当制作《不予立案通知书》，七日内送达控告人。
(5)认为有犯罪事实，需要追究刑事责任且属自己管辖的，由接受单位制作《刑事案件立案报告书》，经县级以上公安机关负责人批准予以立案。
刑事案件被退回两次之后，法院又退回的做不起诉处理，公安机关受理刑事案件之后，会先对立案的材料进行审查和处理，整理相关的证据，发现犯罪的线索，进行调查，确定犯罪嫌疑人。
向人民检察院提交逮捕申请，经人民检察院批准逮捕犯罪嫌疑人，并移送检察院起诉。
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