当事人申请撤销房屋买卖合同的，如果是仲裁撤销的，由仲裁协议约定仲裁机构管辖，如果向法院申请撤销的，由房屋所在地法院管辖。《中华人民共和国民事诉讼法》第三十三条专属管辖下列案件，由本条规定的人民法院专属管辖：
（一）因不动产纠纷提起的诉讼，由不动产所在地人民法院管辖；
（二）因港口作业中发生纠纷提起的诉讼，由港口所在地人民法院管辖；
（三）因继承遗产纠纷提起的诉讼，由被继承人死亡时住所地或者主要遗产所在地人民法院管辖。《中华人民共和国仲裁法》第六条仲裁委员会应当由当事人协议选定。仲裁不实行级别管辖和地域管辖。
二、可以申请撤销购房合同备案的情况
1、交付公告或公布之日起90日内，购房者所购房屋因质量存在问题(出现严重漏水、房屋安全隐患等)，要求退房需注销合同备案的，除按审核流程提供相关资料外，需提交市、区建筑工程质量监督站或房屋安全鉴定部门的认定书或鉴定书，方可办理。
2、屋交付公告或公布之日起90日内，开发商与购房者之间因其中一方违约而发生纠纷，经法院、仲裁机构判决或裁定后退房需注销合同备案的，除按审核流程提供相关资料外，需提交已生效的判决书、协助执行通知书和裁决书等相关司法文书，方可办理。
3、公安、检查部门要求协助办理相关案件，需注销合同备案的，应出具纪检、公安、检查部门的正式函件，方可办理。
4、交付公告或公布之日起90日内，购房者在所购项目中另换购商品房，需注销原所购房屋合同备案的，应先提出申请，经房产管理部门同意，将新换购的商品房合同备案后，方可办理注销原所购的房屋合同备案手续。
申请撤销房屋买卖合同的，如果是向仲裁机构撤销的，由仲裁协议约定的仲裁机构管辖。
如果是向人民法院申请撤销的，由房屋所在地法院管辖。
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