有的合伙合同纠纷涉及违法项目法院不会处理，合伙协议纠纷债务要清算，且有相关的流程如下:
1、合伙清算的概念和清算人的确定合伙合同终止后，须进行清算。
合伙的清算是合伙解散，了结合伙法律关系，以消灭合伙的程序。
根据《合伙法》第五十九条规定，合伙企业解散，清算人由全体合伙人担任;
未能由全体合伙人担任清算人的，经全体合伙人过半数同意，可以自合伙企业解散后15日内指定一名或者数名合伙人，或者委托第三人，担任清算人;
15日内未确定清算人的，合伙人或者其他利害关系人可以申请人民法院指定清算人。
2、合伙清算的内容清算人执行的清算事务包括了结进行的业务、收取债权、清偿债务、返还出资及分配剩余财产等。
根据《合伙法》第六十条规定，清算人在清算期间执行下列事务:
①清理合伙企业财产，分别编制资产负债表和财产清单。
②处理与清算有关的合伙企业未了结的事务。
③清缴所欠税款。
④清理债权、债务。
⑤处理合伙企业清偿债务后的剩余财产。
⑥代表合伙企业参与民事诉讼活动。
3、清偿顺序和其他有关事项
(1)合伙企业财产在支付清算费用后，按下列顺序清偿:
合伙企业所欠招用的职工工资和劳动保险费用;
合伙企业所欠税款;
合伙企业的债务;
返还合伙人的出资。
合伙企业财产按上述顺序清偿后仍有剩余的，按约定或者规定的比例(见前述)进行分配。
二、合伙未经清算可以起诉吗?
针对合伙未经清算是否可以起诉的问题，存在不同意见。
一种意见认为合伙未经清算，不得要求分割合伙财产，而且主张在合伙未清算、账目无法查清的情况下，分配盈余、结算亏损就缺乏相应依据。
但未对个人合伙的终止结算义务加以规定，合伙清算也非诉讼的前置程序，所以，合伙协议未经清算不影响原告的诉权。
实践中，也常常是因为合伙协议清算陷入僵局，合伙人不得已才选择诉讼救济方式的。
同时，对合伙协议账目不清，清算陷入僵局的情况下，一味要求当事人进行审计或会计核算理清账目，如账目无法理清则适用举证规则驳回原告起诉的现实做法也有悖合伙协议纠纷这一诉讼案由设立的初衷。
具体案件审理过程中，可以采用人民法院审理案件，其中一部分事实已经清楚，可以就该部分先行判决”的规定，对账目清楚的部分，比如合伙人的出资、购置的固定财产、机器设备等的折价收益，均可按照合伙协议的约定或合伙人的出资比例先行确定该部分合伙财产的清算分割问题。
对其他存在争议的账目上，则尽量在先行法律规定的框架内，尽量核实证据、减少纠纷，同时利用合伙当事人主体间的信任基础，通过调解工作，尽力维护当事人的利益。
因为合伙等相关的事项发生纠纷的，是可以选择到人民法院来进行起诉的，但是如果涉及到一些违法的项目的话，人民法院是不能够直接的对此做出一定的处理的，主要就是因为是属于一种违法犯罪的行为，这种情况之下，所以要送到有关的部门来进行处理。
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