行政机关不履行协议造成损失的，按协议约定赔偿，如果协议没有约定的，按实际造成的损失赔偿。
二、相关法律规定
《最高人民法院关于审理行政协议案件若干问题的规定》第十六条在履行行政协议过程中，可能出现严重损害国家利益、社会公共利益的情形，被告作出变更、解除协议的行政行为后，原告请求撤销该行为，人民法院经审理认为该行为合法的，判决驳回原告诉讼请求；
给原告造成损失的，判决被告予以补偿。
被告变更、解除行政协议的行政行为存在行政诉讼法第七十条规定情形的，人民法院判决撤销或者部分撤销，并可以责令被告重新作出行政行为。
被告变更、解除行政协议的行政行为违法，人民法院可以依据行政诉讼法第七十八条的规定判决被告继续履行协议、采取补救措施；
给原告造成损失的，判决被告予以赔偿。
第十九条被告未依法履行、未按照约定履行行政协议，人民法院可以依据行政诉讼法第七十八条的规定，结合原告诉讼请求，判决被告继续履行，并明确继续履行的具体内容；
被告无法履行或者继续履行无实际意义的，人民法院可以判决被告采取相应的补救措施；
给原告造成损失的，判决被告予以赔偿。
原告要求按照约定的违约金条款或者定金条款予以赔偿的，人民法院应予支持。
《中华人民共和国行政诉讼法》第七十八条被告不依法履行、未按照约定履行或者违法变更、解除本法第十二条第一款第十一项规定的协议的，人民法院判决被告承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等责任。
被告变更、解除本法第十二条第一款第十一项规定的协议合法，但未依法给予补偿的，人民法院判决给予补偿。
依据《关于审理行政协议案件若干问题的规定》的规定，行政机关不履行行政协议造成对方当事人损失的，行政机关要承担赔偿的责任，一般是依据实际造成的损失进行赔偿，但协议有约定的，按协议违定处理。
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