双方当事人达成刑事和解，被告人会按以下进行处理：
1、公安机关可以撤案不过，只对于自诉刑事案件可以撤案处理，并且是在自诉人宣告判决前撤回自诉。对于自诉案件以外的公诉案件，立案后是不允许撤诉的。
2、检察机关可以不起诉对于侮辱诽谤罪，暴力干涉婚姻自由罪、虐待罪和侵占四种自诉案件，如果被害人及其他有告诉权的人不提出告诉，或者提出告诉后又撤回告诉的，人民检察院即会作不起诉处理。
3、法院应当对被告人从轻处罚注意，这里是法院“应当”从轻处罚，即判决时要适用较轻种类或者较小幅度的处罚，而不是“可以”。最后，犯罪分子符合适用条件的，还将按以下处理：
1、适用非监禁刑，即缓刑；
2、可以减轻处罚；
3、可以免除刑事处罚。所以，根据以上，达成刑事和解后，对犯罪分子会被宽大处理，所以如果有条件的话，可以尽量跟受害人和解，签订刑事和解协议。《中华人民共和国刑事诉讼法》第二百八十九条双方当事人和解的，公安机关、人民检察院、人民法院应当听取当事人和其他有关人员的意见，对和解的自愿性、合法性进行审查，并主持制作和解协议书。第二百九十条对于达成和解协议的案件，公安机关可以向人民检察院提出从宽处理的建议。人民检察院可以向人民法院提出从宽处罚的建议；
对于犯罪情节轻微，不需要判处刑罚的，可以作出不起诉的决定。人民法院可以依法对被告人从宽处罚。
二、刑事和解后还能起诉吗
一般和解之后是不能再起诉的，要是和解协议有失公平是可以进行起诉的。
和解协议系原、被告双方的真实意思表示，不违背法律和社会公共利益，应属合法。
但是该协议是在原告未做伤残等级鉴定的情况下签订的，如果不允许原告行使诉权的话将明显显失公平，但是原告不能直接起诉要求被告赔偿，而应向法院行使撤销权之诉。
当事人签订的人身损害赔偿和解协议的行为是一种民事法律行为。
根据民法的基本理论，认定民事法律行为是否有效关键取决于三点，
一是行为人是否具有民事行为能力；
二是当事人的意思表示是否真实；
三是法律行为内容是否违反法律和社会公共利益。
如果不存在以上三种情况，应当认定该法律行为有效。
具体到本案，作为具有完全民事行为能力的原、被告在综治办等相关部门的协调下达成了一致的和解协议，双方纯属自愿，不存在压迫和欺诈等情形，不违背法律规定和社会公共利益，应合法有效，故从民事合同的构成要件分析，原、被告双方达成的和解协议合法有效，双方没特殊理由及情形不得随意反悔并诚信履行各自义务。
我们可以了解到按照规定如果双方达成刑事和解被告人可能可以免除刑罚，也有可能会减轻处罚，具体需要结合实际情况，但是如果刑事和解之后对方有不满还是可以起诉的。
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