1、建筑工程合同条款约定不明确的，法院怎样判决要依据具体情况而定，约定不明确双方可以补充约定，或者依据交易习惯等方式确定。
2、法律规定：
《中华人民共和国民法典》第五百一十条【合同没有约定或者约定不明的补救措施】合同生效后，当事人就质量、价款或者报酬、履行地点等内容没有约定或者约定不明确的，可以协议补充；
不能达成补充协议的，按照合同相关条款或者交易习惯确定。
二、工程合同纠纷要收集哪些证据
1、企业法人、个人合伙、个体工商户的资格证明，开户银行和帐号。
起诉状上的原、被告名称，须与营业执照、合同章相符合，如不一致或被告主体已变更、合并、关闭，需加以说明，并提供被告现在的准确所在地。
2、法人的法定代表人、委托代理人的身份证明，授权委托书必须写明代理事项和代理权限。
3、合同及与合同有关的文书、电报、信函(包括信封)、图表；
变更、补充合同的协议、合同和其他附件，合同签订地及其证明材料。
应提供原件，复制件须经过核对。
4、送货、提货、托运、运输、验收、发票等凭证。
5、货款、工程款、运输费、保管费、租赁费、转让费、劳务费、酬金等结算凭证和有关财务帐目的复印件。
6、要求赔偿损失的依据及有关证明。
7、要求支付违约金的依据、计算办法及有关证明。
8、起诉前自行协商或通过有关部门处理的有关凭证。
9、其他与诉讼有关的依据。
人民法院对约定不明确的建设工程合同纠纷案件怎样判决，要依据具体情况而定，主要看当事人提供的证据能不能支持其主张。
而工程合同约定不明确的，双方可以协商补充约定。
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