公司进行破产清算，清算结束后，公司不能直接注销，管理人需要向法院申请裁定终结破产程序，法院裁定后才能申请注销登记。《中华人民共和国企业破产法》第一百二十条破产人无财产可供分配的，管理人应当请求人民法院裁定终结破产程序。管理人在最后分配完结后，应当及时向人民法院提交破产财产分配报告，并提请人民法院裁定终结破产程序。人民法院应当自收到管理人终结破产程序的请求之日起十五日内作出是否终结破产程序的裁定。裁定终结的，应当予以公告。第一百二十一条管理人应当自破产程序终结之日起十日内，持人民法院终结破产程序的裁定，向破产人的原登记机关办理注销登记。
（一）破产宣告破产宣告由自人民法院裁定作出之日起五日内送达债务人和管理人，自裁定作出之日起十日内通知已知债权人，并予以公告。
（二）破产财产变价方案破产财产变价方案由管理人拟订并提交债权人会议讨论通过。
（三）变价管理人按照债权人会议通过的或者人民法院裁定的破产财产变价方案，通过拍卖变价出售破产财产。
债权人会议另有决议的除外。
（四）清偿破产财产依照下列顺序清偿，破产财产不足以清偿同一顺序清偿要求的，按照比例分配。
1、破产费用和共益债务；
2、破产人所欠职工的工资和医疗、伤残补助、抚恤费用，所欠的应当划入职工个人账户的基本养老保险、基本医疗保险费用，以及法律、行政法规规定应当支付给职工的补偿金。
破产企业的董事、监事和高级管理人员的工资按照该企业职工的平均工资计算；
3、破产人欠缴的除前项规定以外的社会保险费用和破产人所欠税款；
4、普通破产债权。
（五）终结公司无财产可供分配或最后分配完结后，管理人提请人民法院裁定终结破产程序。
人民法院裁定终结破产程序的，应当予以公告。
管理人自破产程序终结之日起十日内，持人民法院终结破产程序的裁定，向破产人的原登记机关办理注销登记。
依据《企业破产法》的规定，公司破产清算结束后，公司不能直接申请注销登记，管理人需要请求人民法院裁定终结破产程序，法院作出裁定后，才能申请注销登记。
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