民法典规定，农村房屋产权有争议，而利害关系人向法院申请确权的，符合起诉条件的，法院会受理案件。《中华人民共和国民法典》第二百三十三条【物权纠纷解决方式】物权受到侵害的，权利人可以通过和解、调解、仲裁、诉讼等途径解决。第二百三十四条【物权确认请求权】因物权的归属、内容发生争议的，利害关系人可以请求确认权利。《中华人民共和国民事诉讼法》第一百一十九条起诉条件起诉必须符合下列条件：
（一）原告是与本案有直接利害关系的公民、法人和其他组织；
（二）有明确的被告；
（三）有具体的诉讼请求和事实、理由；
（四）属于人民法院受理民事诉讼的范围和受诉人民法院管辖。
二、农村房屋确权流程是怎样的
1、农村房屋所有人，领取由当地的土地管理部门印发的《农村宅基地使用权申报登记表》，要符合一户一宅的原则。
2、当地村委会或者镇政府出具的农村房屋宅基地的相关证明，比如宅基地的审批手续，房屋的规划许可证等手续。
3、国土部门对农民自有的宅基地范围、界线、权属性质、用途等情况进行实地调查、记录并经相邻各方认定，填写宅基地地籍调查表，绘制宗地草图，对农民的宅基地界定位置。
4、组织宅基地周边相邻地块的农民一起去现场指认各自界限，并且在双方都认可的界限、界址点共同签名盖章。
5、经土地主管部门审核，认为界限清楚没有争议的进行公告。
6、在公告期满后，由当地县政府签发农村宅基地使用权证。
7、农村房屋所有人拿着宅基地使用权证书和规划许可证向向当地房管所提交申请，经过房管所的公告及审批后，领取房产证，同时缴纳办证所需要的费用。
依据《民法典》的规定，农村房屋产权存在争议时，利害关系人可以向人民法院申请房屋确权，房屋申请条件的，人民法院会受理案件，并且立案审理。
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