怀孕女职工被辞退后申请劳动仲裁，如果公司破产的情形时，不影响公司申请破产。《中华人民共和国企业破产法》第二条企业法人不能清偿到期债务，并且资产不足以清偿全部债务或者明显缺乏清偿能力的，依照本法规定清理债务。企业法人有前款规定情形，或者有明显丧失清偿能力可能的，可以依照本法规定进行重整。第七条债务人有本法第二条规定的情形，可以向人民法院提出重整、和解或者破产清算申请。债务人不能清偿到期债务，债权人可以向人民法院提出对债务人进行重整或者破产清算的申请。企业法人已解散但未清算或者未清算完毕，资产不足以清偿债务的，依法负有清算责任的人应当向人民法院申请破产清算。
二、女员工三期还要辞退怎么赔偿
女职工在孕期、产期、哺乳期的，除非具备严重违反用人单位规章制度；
严重失职给用人单位造成重大损害；
同时与其他用人单位建立劳动关系，对完成本单位的工作任务造成严重影响以及被依法追究刑事责任等自身有重大过错的法定情形，用人单位不得解除劳动合同。
双方协商解除合同：
如果是公司与劳动者协商一致解除劳动合同，那么公司应当按照劳动者在该单位的已工作年限支付经济补偿金，每满一年补偿一个月工资，不满半年补偿半个月工资，满半年不满一年补偿一个月工资。
企业单方面解除合同：
《劳动合同法》规定在三期期间不得以非过失过裁员来解除合同，否则属于违法，对违法解除的应支付赔偿金，即两倍的经济补偿金即在本单位工作年限每年两个月工资支付赔偿金。
通过上述分析知道，依据《企业破产法》的规定，怀孕女职工被辞退后申请劳动仲裁，如果公司破产的情形时，不影响公司申请破产。
债权人或者债务人可以提交申请书和证据向法院申请企业破产。
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