公司清算程序结束后，才能申请注销登记。所以公司股权质押的，清算程序结束后，可以申请注销登记。《中华人民共和国民法典》第六十八条【法人终止的原因】有下列原因之一并依法完成清算、注销登记的，法人终止：
（一）法人解散；
（二）法人被宣告破产；
（三）法律规定的其他原因。法人终止，法律、行政法规规定须经有关机关批准的，依照其规定。第七十二条【清算中法人地位、清算后剩余财产的处理和法人终止】清算期间法人存续，但是不得从事与清算无关的活动。法人清算后的剩余财产，按照法人章程的规定或者法人权力机构的决议处理。法律另有规定的，依照其规定。清算结束并完成法人注销登记时，法人终止；
依法不需要办理法人登记的，清算结束时，法人终止。
二、公司清算程序
1、依法成立清算组。
公司应当在解散事由出现之日起十五日内成立清算组，开始清算。
有限责任公司的清算组由股东组成，股份有限公司的清算组由董事或者股东大会确定的人员组成。
逾期不成立清算组进行清算的，债权人可以申请人民法院指定有关人员组成清算组进行清算。
人民法院应当受理该申请，并及时组织清算组进行清算。
2、公告并通知债权人申报债权，依法对债权进行登记。
清算组应当自成立之日起十日内通知债权人，并于六十日内在报纸上公告。
债权人应当自接到通知书之日起三十日内，未接到通知书的自公告之日起四十五日内，向清算组申报其债权。
债权人申报债权，应当说明债权的有关事项，并提供证明材料。
清算组应当对债权进行登记。
在申报债权期间，清算组不得对债权人进行清偿。
3、清算组接管公司，展开清算工作。
清算组自成立之日起接管公司，了结公司未了业务、清理公司债权和债务、处理公司清偿债务后的剩余财产、清缴所欠税款以及清算过程中产生的税款、代表公司参与民事诉讼活动。
4、清算组全面清理公司财产、编制资产负债表和财产清单。
5、清算组制定清算方案，并报股东会、股东大会或者人民法院确认。
其中：
清算组在清理公司财产、编制资产负债表和财产清单后，发现公司财产不足清偿债务的，应当依法向人民法院申请宣告破产。
公司经人民法院裁定宣告破产后，清算组应当将清算事务移交给人民法院。
6、根据股东会、股东大会或者人民法院确认的清算方案分配公司财产。
公司财产在分别支付清算费用、职工的工资、社会保险费用和法定补偿金，缴纳所欠税款，清偿公司债务后的剩余财产，有限责任公司按照股东的出资比例分配，股份有限公司按照股东持有的股份比例分配。
清算期间，公司存续，但不得开展与清算无关的经营活动。
公司财产在未按前款规定清偿前，不得分配给股东。
7、制作清算报告，报股东会、股东大会或者人民法院确认后，申请注销公司登记，公告公司终止。
公司清算结束后，清算组应当制作清算报告，报股东会、股东大会或者人民法院确认，并报送公司登记机关，申请注销公司登记，公告公司终止。
通过上述分析知道，依据《民法典》的规定，公司依法清算结束后，才能申请注销登记。
所以公司有股权质押的，未清算结束的，不能注销登记。
如果清算结束后，股权质押处理完后，可以申请注销登记。
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