做肠镜穿孔检查造成医疗损害的，由医疗机构承担赔偿责任，赔偿问题可以由双方协商处理，协商好后按约定赔偿。协商不成的，可向法院起诉，按法院判决赔偿。《中华人民共和国医疗事故处理条例》第四十六条发生医疗事故的赔偿等民事责任争议，医患双方可以协商解决；
不愿意协商或者协商不成的，当事人可以向卫生行政部门提出调解申请，也可以直接向人民法院提起民事诉讼。第四十七条双方当事人协商解决医疗事故的赔偿等民事责任争议的，应当制作协议书。协议书应当载明双方当事人的基本情况和医疗事故的原因、双方当事人共同认定的医疗事故等级以及协商确定的赔偿数额等，并由双方当事人在协议书上签名。
二、医疗事故责任认定是怎样的
医疗事故责任的认定条件如下：
1、医疗事故的行为人必须有诊疗护理工作中的过失。
2、必须是发生在诊疗护理工作中，也包括为此服务的后勤和管理。
3、给病员造成危害的结果，必须符合法律规定，即“死亡、残废、组织器官损伤导致功能障碍的”，不及此程度，不能认定为医疗事故。
4、危害行为和危害结果之间，必须有直接的因果关系，否则不能认定为医疗事故。
如果在发生多因一果的情况下，必须具体分析各自原因与作用，慎重判定。
5、医疗事故的行为人，必须是经过考核和卫生行政机关批准或承认，取得相应资格的各级各类卫生技术人员。
因诊疗护理工作乃是群体性的活动，有时构成医疗事故的行为人，也可以是从事医疗管理、后勤服务等工作人员。
通过上述分析知道，依据《医疗事故处理条例》的规定，医疗事故造成人身损害的，如果双方协商一致的，按协议约定赔偿。
如果协商不成向法院起诉的，按法院的判决书进行赔偿。
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