民事案件在执行阶段，被执行人房屋抵押的，不影响对房屋的执行，执行抵押房屋时，房屋价款优先清偿抵押的债权。《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民事诉讼法〉的解释》第一百五十七条人民法院对抵押物、质押物、留置物可以采取财产保全措施，但不影响抵押权人、质权人、留置权人的优先受偿权。第五百一十六条当事人不同意移送破产或者被执行人住所地人民法院不受理破产案件的，执行法院就执行变价所得财产，在扣除执行费用及清偿优先受偿的债权后，对于普通债权，按照财产保全和执行中查封、扣押、冻结财产的先后顺序清偿。
二、民事判决执行措施有哪些
1、查询、冻结、划拨被执行人的存款。
这种措施适用于被执行人在金融机构有存款的情况。
2、扣留、提取被执行人的收入。
这种措施适用于被执行人银行存款或者其他可供执行财产的情况。
3、查封、扣押、拍卖、变卖被执行人的财产。
就是被执行人未按执行通知履行法律文书确定的义务，人民法院有权查封扣押、拍卖、变卖被执行人应当履行义务部分的财产，但应保留被执行人及其家属的必要生活费用。
4、搜查被执行人的财产。
这种措施适用于被执行人不履行法律文书确定的义务，并转移隐匿财产的情况。
5、强制被执行人交付法律文书指定的财产或者票证。
6、强制被执行人迁出房屋或者退出土地。
7、办理财产权证照转移手续。
8、强制被执行人履行法律文书指定的行为。
9、强制被执行人支付迟延履行期间债务利息及迟延履行金。
10、请求人民法院继续执行。
通过分析知道，依据《民事诉讼法司法解释》的规定，人民法院采取执行措施时，对于被抵押的房屋可以执行，执行房屋所得款项铸造清偿抵押的债权，然后再清偿普通债务。
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