申请支付令后，人民法院审查时不会主动适用诉讼时效，符合条件的会发出支付令，如果超过诉讼时效的，债务人可以对支付令提出异议《中华人民共和国民法典》第一百九十三条【诉讼时效援引】人民法院不得主动适用诉讼时效的规定。《中华人民共和国民事诉讼法》第二百一十六条支付令人民法院受理申请后，经审查债权人提供的事实、证据，对债权债务关系明确、合法的，应当在受理之日起十五日内向债务人发出支付令；
申请不成立的，裁定予以驳回。债务人应当自收到支付令之日起十五日内清偿债务，或者向人民法院提出书面异议。债务人在前款规定的期间不提出异议又不履行支付令的，债权人可以向人民法院申请执行。
二、超过诉讼时效有什么法律后果
1、诉讼时效抗辩权如果债权有“时效已过”之事实，义务人主张诉讼时效抗辩权的，权利的请求权被阻却，义务免于履行。
对于权利人而言，债权并不产生任何影响，债权仍是完全债权。
2、法院不能主动适用诉讼时效的规定进行裁判诉讼时效抗辩权是私权利，是否行使属于抗辩权人自由行为的范畴，法院应当尊重当事人的意思自治。
当事人未主张诉讼时效抗辩，人民法院不应对诉讼时效问题进行释明及主动适用诉讼时效的规定进行裁判。
3、诉讼时效抗辩权对人的效力具有相对性诉讼时效届满后，权利人的请求权得以阻却的后果不必然产生，以义务人行使诉讼时效抗辩权为前提。
在义务人众多的情形下，其中一人所为诉讼时效抗辩权之效力，或其中一人之抛弃时效利益，对于其他人不产生影响，即诉讼时效抗辩权的主张只产生相对效力。
通过上述分析知道，依据《民法典》的规定，人民法院不得主动适用诉讼时效的规定。
所以符合申请条件的，超过诉讼时效，仍然可以向法院申请支付令，但债务人收到支付令后，可以提出异议。
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