如果合同中有约定管辖法院的，出现给付金钱或者有价证券的纠纷时，可以向协议约定的法院申请支付令。所以申请支付令适用协议管辖。《中华人民共和国民事诉讼法》第三十四条协议管辖合同或者其他财产权益纠纷的当事人可以书面协议选择被告住所地、合同履行地、合同签订地、原告住所地、标的物所在地等与争议有实际联系的地点的人民法院管辖，但不得违反本法对级别管辖和专属管辖的规定。第二百一十四条申请支付令条件债权人请求债务人给付金钱、有价证券，符合下列条件的，可以向有管辖权的基层人民法院申请支付令：
（一）债权人与债务人没有其他债务纠纷的；
（二）支付令能够送达债务人的。申请书应当写明请求给付金钱或者有价证券的数量和所根据的事实、证据。
协议管辖是指民事案件当事人在纠纷发生之前或者纠纷发生之后，可以在书面合同中以协议的方式选择管辖法院或者协商选择管辖法院。
但有效的协议管辖需符合一定条件：
1、协议管辖的范围仅限于因合同纠纷提起的诉讼。
2、协议管辖选择的法院，必须与合同有实际联系，不能选择与当事人和合同毫无关系的人民法院管辖。
即当事人只能在被告住所地、合同履行地、合同签订地、原告住所地、标的物所在地这五类中选择一个管辖法院。
如果管辖协议约定不明确或者选择了两个以上法院，协议无效。
3、协议管辖只适用于第一审民事案件。
对二审和再审民事案件则不适用。
4、协议管辖不能违反级别管辖和专属管辖的规定。
举例来说，不能把应由基层人民法院作为第一审的案件，约定选择中级人民法院管辖；
属于专属管辖的案件，即因不动产提起的诉讼、港口作业中发生的诉讼、继承遗产发生的诉讼，都不能由当事人约定选择其他管辖法院。
5、协议管辖，双方当事人必须达成一致的书面协议。
书面协议是指合同中的协议管辖条款或者诉前达成的选择管辖协议。
合同无效并不影响协议管辖条款的效力。
通过上述分析知道，依据《民事诉讼法》的规定，申请支付令适用协议管辖。
当事人在合同中协议约定管辖法院的，出现给付金钱或者有价证券的纠纷时，申请人要向协议约定的法院申请支付令。
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