在找工作的时候，我们有的时候会因为一是大意而被用人单位忽悠，帮助他们进行非法经营，如果在工作一段时间后，公司被查，员工是不是也要承担相应的责任，这个问题相信一直困恼着不少的员工，在实际案例的审判中，非法经营公司的员工要不要承担相应的责任是一件很复杂的事情，要根据实际情况以及员工在公司的作用等多方面综合考虑，然后针对不同的情况作出不同的审判。
如果公司非法经营对于没有参与违法行为的员工奖金一般情况下是不会没收的，这里面有两种情况：
1、一是奖金已发，对于这部分奖金一般已经做了支出，如果员工没有参与违法的行为，这部分钱是不会要求员工返回的。还有一部分是承诺但是还没有发放的奖金，如果已经确定员工有这部分奖金，只是因为时间问题还是没有发，可以要求公司补发，如果公司因为非法经营负责人已经被抓起来了，可以申请劳动仲裁，保护自己的权益。
2、首先如果公司真的被确立已经犯了非法经营罪，那么公司的直接负责人或者相关的负责人都要限制自由，同时还要进行罚款，一般罚款是根据所得税计算的，大体都是在一倍以上5倍以下的这个范围内，这里面也分为两种情况，一种是查到了个人违法所得的费用，这种情况下就按照上面的比例就行处罚，还有一种是查不到相关的费用基数，这样的情况要根据实际情况处罚1000元以上的罚金。
3、在确定公司的非法经营罪之后，会对公司的员工也进行调查，如果真的对公司的非法行为并不知情也没有直接证据证明参与，这类的员工是不用承担相应的责任的，如果在调查过程中，发现员工对公司的违规行为知晓，并且还继续帮助公司进行违法操作，这样的员工会根据公司所在的位置，对违法行为的作用以及对周边人员的影响等情况进行处理，一般不同情况的罚金都是不相同的，这个要看公司违规的严重性，以及员工本身的情况，因为在这类违法经营中对员工的审核是比较复杂的，可能也会存在员工本身没有违法意识帮助公司进行的一些操作，情节不算严重的可以找相关的律师咨询，减轻自己的处罚。
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