当事人在合同中约定仲裁条款的，不影响申请支付令，符合申请条件的，就可向人民法院申请支付令。《中华人民共和国民事诉讼法》第二百一十四条申请支付令条件债权人请求债务人给付金钱、有价证券，符合下列条件的，可以向有管辖权的基层人民法院申请支付令：
（一）债权人与债务人没有其他债务纠纷的；
（二）支付令能够送达债务人的。申请书应当写明请求给付金钱或者有价证券的数量和所根据的事实、证据。第二百一十五条受理支付令申请债权人提出申请后，人民法院应当在五日内通知债权人是否受理。第二百一十六条支付令人民法院受理申请后，经审查债权人提供的事实、证据，对债权债务关系明确、合法的，应当在受理之日起十五日内向债务人发出支付令；
申请不成立的，裁定予以驳回。债务人应当自收到支付令之日起十五日内清偿债务，或者向人民法院提出书面异议。债务人在前款规定的期间不提出异议又不履行支付令的，债权人可以向人民法院申请执行。
二、合同仲裁条款该怎么约定
合同中的仲裁条款应包含以下内容：
1、要有申请仲裁的意思表示。
2、仲裁事项。
仲裁事项必须与当事人有特定的法律关系，而且只能是合同纠纷或其他财产权益纠纷。
婚姻、收养、监护、抚养、继承等民事纠纷不能申请仲裁。
3、选定仲裁委员会。
当事人在协议中必须写明具体的仲裁委员会，如中国国际经济贸易仲裁委员会(简称贸仲)。
仅有仲裁地点(如北京)而没有仲裁机构的，仲裁协议无效。
以下是贸仲的示范仲裁条款：
凡因本合同引起的或与本合同有关的任何争议，均应提交中国国际经济贸易仲裁委员会，按照申请仲裁时该会现行有效的仲裁规则进行仲裁。
仲裁裁决是终局的，对双方均有约束力。
通过上述分析知道，依据《民事诉讼法》的规定，申请支付令符合条件的，即使当事人在合同中约定了仲裁条款，也不影响债权人向人民法院申请支付令，法院审查符合条件的，会发出支付令。
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