宅基地上没有建筑物的，不影响宅基地的确权。宅基地使用权产生纠纷的，利害关系人可以申请确权。《中华人民共和国民法典》第二百三十三条【物权纠纷解决方式】物权受到侵害的，权利人可以通过和解、调解、仲裁、诉讼等途径解决。第二百三十四条【物权确认请求权】因物权的归属、内容发生争议的，利害关系人可以请求确认权利。第三百六十二条【宅基地使用权的定义】宅基地使用权人依法对集体所有的土地享有占有和使用的权利，有权依法利用该土地建造住宅及其附属设施。
二、农村宅基地确权登记发放流程
1、申报凡是拥有宅基地的土地使用权人，须领取由土地部门统一印发的《农村宅基地使用权申报登记表》，以户为单元，每宗宅基地填写一份。
村民使用的宅基地，必须提交由经济社、村委会二级经济组织及镇政府出具的土地权属来源证明。
然后由调查组负责收集申报材料上交土地管理部门对权属进行审核。
2、权属调查国土部门根据土地使用权人的申请，对宅基地范围、界线、界址、权属性质、用途等情况进行实地调查、记录并经相邻各方认定，填写宅基地地籍调查表，绘制宗地草图，为地籍测量作准备。
在宅基地调查过程中，本宗地使用者和相邻地使用者应按通知规定时间内到场共同指界，对双方共同确认的用地界线和界址点进行签名、盖章，如不能参加指界的，应书面委托代理人出面指界。
3、审核与公告经土地行政主管部门审核，对认为符合登记要求的宗地进行公告，公告内容主要包括土地使用者的名称、地址、准予登记的土地权属性质、面积、坐落、四至范围等。
4、审批公告期满，土地权利者及其他土地权益有关者对土地登记审核结果未提出异议的，在农村宅基地使用权登记审批表上签署同意登记发证的意见，由市(县)人民政府领导签章，并加盖市(县)人民政府土地登记专用章。
5、登记注册根据农村宅基地登记审批表结果，以宗地(宅基地)为单位逐项填写土地(宅基地)登记卡、土地(宅基地)归户卡及土地证书，并由登记人员和土地行政主管部门主管领导分别在两卡上签字。
6、颁发土地证通过上述分析知道，依据《民法典》的规定，因物权的归属、内容发生争议的，利害关系人可以请求确认权利。
所以宅基地虽然房屋，但因宅基地使用权归属产生争议的，利害关系人可以申请确权。
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