非法行医不构成犯罪的，由县级以上人民政府卫生行政部门予以取缔，没收其违法所得及其药品、器械，并处罚款。《中华人民共和国执业医师法》第三十九条未经批准擅自开办医疗机构行医或者非医师行医的，由县级以上人民政府卫生行政部门予以取缔，没收其违法所得及其药品、器械，并处十万元以下的罚款；
对医师吊销其执业证书；
给患者造成损害的，依法承担赔偿责任；
构成犯罪的，依法追究刑事责任。
二、非法行医罪与医疗事故罪的界限
非法行医罪与医疗事故罪都属于危害公共卫生方面的犯罪，二者在客观上都可能造成就诊人死亡或严重损害就诊人身体健康的后果，它们的区别主要在于：
(1)客观方面不同。
前者在客观方面表现为，违反国家有关医疗管理的法律、法规的规定，非法行医，情节严重的行为。
后者在客观方面表现为，医务人员在合法的诊疗护理过程中，违反规章制度，严重不负责任，造成就诊人死亡或者严重损害就诊人身体健康的行为。
(2)主体不同。
前者的主体是不具有医生执业资格的人，而后者的主体是已经取得医生执业资格的医务人员。
(3)主观方面不同。
前者对行为人造成就诊人死亡或严重损害就诊人身体健康后果，所持的心理态度既可以是过失，也可以是间接故意，但对于违反医疗管理制度的行为，则是直接故意。
后者对造成严重不良后果所持的心理态度只能是过失。
通过上述分析知道，依据《执业医师法》的规定，未取得执业资格证书非法行医的，不构成犯罪的情况下，由县级以上人民政府卫生行政部门予以取缔，没收其违法所得及其药品、器械，并处罚款。
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