公司设立过程中有瑕疵的，公司登记机构责令改正的情形包括：
虚报注册资本、提交虚假材料或者采取其他欺诈手段隐瞒重要事实取得公司登记等。《中华人民共和国公司法》第一百九十八条【虚报注册资本的法律责任】违反本法规定，虚报注册资本、提交虚假材料或者采取其他欺诈手段隐瞒重要事实取得公司登记的，由公司登记机关责令改正，对虚报注册资本的公司，处以虚报注册资本金额百分之五以上百分之十五以下的罚款；
对提交虚假材料或者采取其他欺诈手段隐瞒重要事实的公司，处以五万元以上五十万元以下的罚款；
情节严重的，撤销公司登记或者吊销营业执照。第一百九十九条【虚假出资的法律责任】公司的发起人、股东虚假出资，未交付或者未按期交付作为出资的货币或者非货币财产的，由公司登记机关责令改正，处以虚假出资金额百分之五以上百分之十五以下的罚款。
二、公司设立登记材料要准备哪些
根据先照后证的原则，设立公司在工商局要提交的材料有：
1、公司法定代表人签署的《公司设立登记申请书》；
2、全体股东签署的《指定代表或者共同委托代理人的证明》(股东为自然人的由本人签字；
自然人以外的股东加盖公章)及指表或者共同委托代理人的身份证复印件(本人签字)；
应标明具体委托事项、被委托人的权限、委托期限。
3、全体股东签署的公司章程(股东为自然人的由本人签字；
自然人以外的股东加盖公章)；
4、股东的主体资格证明或者自然人身份证明复印件；
(股东为企业法人的，提交营业执照副本复印件；
股东为事业法人的，提交事业法人登记书复印件；
股东人为社团法人的，提交社团法人登记证复印件；
股东为民办非企业单位的，提交民办非企业单位证书复印件；
股东为自然人的，提交身份证复印件。
5、董事、监事和经理的任职文件及身份证明复印件；
(依据《公司法》和公司章程的规定和程序，提交股东会决议、董事会决议或其他相关材料。
股东会决议由股东签署(股东为自然人的由本人签字；
自然人以外的股东加盖公章)，董事会决议由董事签字。
)通过上述分析知道，依据《公司法》的规定，公司设立瑕疵的，由公司登记机构责令改正。
设立瑕疵的情形包括：
虚报注册资本、提交虚假材料或者采取其他欺诈手段隐瞒重要事实取得公司登记等。
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