人民法院驳回自诉人起诉后，如果自诉人有新证据证明被告人有罪的，向人民法院起诉后，人民法院应该立案受理案件。《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国刑事诉讼法〉的解释》第三百二十一条对已经立案，经审查缺乏罪证的自诉案件，自诉人提不出补充证据的，人民法院应当说服其撤回起诉或者裁定驳回起诉；
自诉人撤回起诉或者被驳回起诉后，又提出了新的足以证明被告人有罪的证据，再次提起自诉的，人民法院应当受理。第三百二十二条自诉人对不予受理或者驳回起诉的裁定不服的，可以提起上诉。第二审人民法院查明第一审人民法院作出的不予受理裁定有错误的，应当在撤销原裁定的同时，指令第一审人民法院立案受理；
查明第一审人民法院驳回起诉裁定有错误的，应当在撤销原裁定的同时，指令第一审人民法院进行审理。
二、刑事案件立案流程
1、人民法院、人民检察院或者公安机关对于报案、控告、举报和自首的材料，应当按照管辖范围，迅速进行审查，认为有犯罪事实需要追究刑事责任的时候，应当立案；
认为没有犯罪事实，或者犯罪事实显著轻微，不需要追究刑事责任的时候，不予立案，并且将不立案的原通知控告人。
2、公安机关、人民检察院或者人民法院对于报案、控告、举报，都应当接受。
对于不属于自己管辖的，应当移送主管机关处理，并且通知报案人、控告人、举报人；
对于不属于自己管辖而又必须采取紧急措施的，应当先采取紧急措施，然后移送主管机关。
控告人如果不服，可以申请复议。
通过上述分析知道，依据《刑事诉讼法司法解释》的规定，对已经立案，经审查缺乏罪证的自诉案件驳回起诉后，如果自诉人有新证据证明被告人有罪的，向人民法院提起自诉的，人民法院应该立案审理。
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