借款合同有瑕疵，会不会影响担保合同，要看是什么瑕疵而定，如果造成借款合同无效的，担保合同也无效。《中华人民共和国民法典》第三百八十八条【担保合同与主合同的关系】设立担保物权，应当依照本法和其他法律的规定订立担保合同。担保合同包括抵押合同、质押合同和其他具有担保功能的合同。担保合同是主债权债务合同的从合同。主债权债务合同无效的，担保合同无效，但是法律另有规定的除外。担保合同被确认无效后，债务人、担保人、债权人有过错的，应当根据其过错各自承担相应的民事责任。
二、合同有瑕疵怎么办
1、履行上的瑕疵能够补正当债务人履行上的瑕疵能够补正时，其法律后果为：
债权人有权拒绝接受有瑕疵的履行，并要求债务人补正。
此时，债权人不负受领迟延的责任。
因补正标的物导致债务人迟延履行的，债务人应负迟延履行的责任。
如果因债务人补正给债权人造成损失的，债务人应负责赔偿。
当债务人交付的标的物质量或提供的劳务不符合约定时，债权人有权依据情况要求债务人减少价款或者报酬。
标的物虽能补正，但补正对债权人已无利益的，债权人有权解除合同，并请求损害赔偿。
因标的物的主物不符合合同约定解除合同时，解除合同的效力及于从物。
但因标的物的从物不符合合同约定而被解除的，解除的效力不及于主物。
债务人能补正而不补正时，债权人有权要求人民法院强制债务人补正。
但依债务的性质不得强制执行的除外。
2、履行上的瑕疵不能补正当债务人履行上的瑕疵不能补正时，债权人有权拒绝受领标的物，并可以解除合同，要求损害赔偿。
当然，债权人也可以在受领后，要求债务人降低价格或者酬金。
通过上述分析知道，依据《民法典》的规定，借款合同是担保合同的主合同，主合同无效的，担保合同无效。
所以借款合同有瑕疵，影响到借款合同效力的，担保合同可能无效。
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